「（二）、被告所辯不足採之理由：
１、被告及辯護人辯以：被告經黃世銘告知該案係「行政不法」，並無「刑事不法」，被告主觀上並無洩密之故意云云；黃世銘、江宜樺及羅智強於另案偵審中，亦陳稱：有關於102年8月31日被告與黃世銘，或江宜樺、羅智強等人所談論者，係「行政不法」云云。然其等4人上開關於「行政不法」之所述，核與本院調查所得之事證不符，不足採信。
１、被告及辯護人辯以：被告經黃世銘告知該案係「行政不法」，並無「刑事不法」，被告主觀上並無洩密之故意云云；黃世銘、江宜樺及羅智強於另案偵審中，亦陳稱：有關於102年8月31日被告與黃世銘，或江宜樺、羅智強等人所談論者，係「行政不法」云云。然其等4人上開關於「行政不法」之所述，核與本院調查所得之事證不符，不足採信。
２、黃世銘於102年8月31日向被告之提出之「專案報告一」所載內容，及其以口頭報告與被告聽聞之事項，均無關行政院、立法院、司法院、考試院及監察院5院相互間職權行使之爭執；被告聽聞後，也知悉「全民電通更一審司法關說案」，可能涉及相關法律責任，依循現行法制，各有權責機關，職其所司，無關乎5院權限行使爭執；被告亦未行使憲法第44條所定「院際調解權」，且無召集相關院調解之事實。
３、本件被告於102年8月31日電召江宜樺、羅智強至寓所，轉述本件偵查秘密、通訊監察秘密及柯建銘個人資料，非為解決閣員政治問題。
４、被告擔任總統一職，同時具有刑法及公務員服務法所定公務員身分，就本件所涉之刑法第132條第1項、通訊保障及監察法第18條，暨個人資料保護法第16條等規範，依法並無不予遵循之權利。否則，國家機關之行政權均可在無法律指示或授權，甚至非其職權範圍內之事項的情況下，藉詞「行政特權」恣意破壞「法治國」之具體實現手段，即「法律保留原則」，則民主憲政保障人權的核心價值，將被破壞殆盡。」
「高院刑事庭發言人吳維雅上午召開記者會，說明改判的主要理由是馬英九身為公務員，對於因職務知悉國防以外應保密的訊息， 包括刑事案件偵查及通訊監察資料，還有此案告訴人柯建銘的資料，都有保密義務，但他洩漏交付這些應保密的資料，且目的不是蒐集刑事犯罪證據，因此高院認定他洩漏國防以外秘密及通訊監察秘密、個人資料。
另外，合議庭認為馬英九洩密的對象是時任行政院長江宜樺、時任總統府副秘書長羅智強，但這兩人的職務無權知悉偵查犯罪應保密資料，因此認定馬洩密，而馬的洩密行為與維護國家安全、增進公共利益無關，目的不是偵查刑事犯罪，卻導致柯建銘的個人資料任意遭人掌握，違反個資保護，也侵害柯的人格權。
至於馬英九辯稱主觀上沒有洩密的故意，而是「調查行政不法事件」，且身為總統是依據《憲法》行使「院際協調權」，這部分合議庭不採認，合議庭認為馬是總統也是公務員，對於立法院所制定防止人民權益被侵害、干預的法律，也就是《刑法》第132條第1項洩漏國防以外機密，以及《通保法》第18條對於通訊監察所得資料應守秘密，還有《個人資料保護法》相關規定，馬雖是總統，但沒有不遵守法律的權力，此外，相關機密無關行政、立法、司法、考試、監察5院之間職權行使的爭執，事實上，馬也沒有召集院際調解，所以合議庭不採認馬的辯解，認為如果假藉行政特權，恣意破壞法治，違逆《憲法》保障人民自由的意旨。
合議庭認為，馬觸犯《通保法》第27條第1項公務員無故洩漏交付通訊監察所得應秘密資料罪，以及《刑法》第132條第1項公務員洩漏國防以外機密罪，還有《個人資料保護法》公務員假借職務上權力洩漏個資等罪，而馬是以一個行為觸犯上述3項罪名，從一重處，因此以最重可判3年徒刑的《通保法》洩密罪來論罪。
至於前審認為馬是行使院際調解權阻卻違法，不罰，高院合議庭認為與事證不符，因此撤銷改判馬有罪，在量刑部分，合議庭審酌馬的犯罪情節及學歷經歷，也審酌馬提出的院際協調權辯解 與事實不符，且違背依法行政原則，不過考量他洩漏給江宜樺等人的秘密，比黃世銘交給他的資料較為簡略而概要，而且馬是口頭轉述方式揭露，比黃世銘洩密的犯行輕微，危害程度較低，因此判處4月徒刑，得易科罰金12萬元。」
