智慧財產法院102年民專上再字第4號判決
自2008年智慧財產案件審理法施行後，智慧財產案件審理法第16條即允許智慧財產法院在專利侵權案件中，就被告提起之專利無效抗辯自為判斷，也就是說，先判斷原告與被告是否適格，以及原告的專利是否有瑕疵；若原告的專利無問題，再判斷被告製造、販賣、要約、使用或進口的產品有無侵權（是否侵害該專利的專利範圍）；若被告確實有侵權，然後決定被告應該賠償原告多少金額，．．．
然而，法律並未明文規定當民事法院的判斷與行政機關或法院對專利有效性的判斷產生矛盾時，應如何處理。特別是：當民事法院認定某專利侵權成立的判決確定後，針對系爭專利的舉發成立之行政處分始確定時，原民事案件被判定侵權成立的被告，得否得基於民事訴訟法第496條第1項第11款規定之事由，主張作為該民事判決基礎的行政處分（專利處分）已經變更，聲請再審呢？
對此問題，學說上或有不同見解，實務見解則首見於智慧財產法院102年民專上再字第4號判決，該判決採否定見解。
其實，這問題的解答很簡單，雖然我國採行政法院與普通法院分立之二元制度，但性質上屬於行政處分之專利權之對世有效性，本就應由法院（不管它是行政法院或普通法院）來進行最終判定。也就是說，這些事情，本來就是法院說了算，是由法院來審查行政機關的決定，而不是反過來，由行政機關來指揮法院。所以，法院也就個案做了有效性的裁判，並且確定了，就不容事後因為行政機關對該個案做出了相反的認定，而使其可成為要求法院再審該案的理由。
其判決理由可以歸納如下，因此殊值贊同：
（1）許多國家（包括與我國法制相當接近的日本）為保障法安定性，明文禁止在此情形下提起再審。
（2）若專利侵權訴訟之被告在侵權訴訟中未提出專利無效抗辯，嗣後才提起舉發，且得根據舉發成立之確定處分提起再審，將誘使被告進行程序上之干擾。
（3）若專利侵權訴訟之被告在侵權訴訟中已提起專利無效抗辯且有充分的機會就專利之有效性進行辯論，則原審法院作成之侵權成立之確定判決難謂有足以動搖其既判力的重大瑕疵。
（4）民事訴訟法第447條及智慧財產案件審理細則第33條第2 項對於當事人未盡適時提出攻擊防禦方法之協力義務，課以失權效果。本件專利侵權案件之被告並未於一審提出專利無效抗辯，於第二審中始提出，但因逾時提出而遭法院駁回，並未實質審酌。因此系爭專利之有效性並非民事法院判斷侵權成立的的基礎。
（5）民事法院對專利侵權成立之判決，乃自行調查證據及認定事實所作成的獨立判斷，而非以專利處分為基礎，因此即使嗣後該專利處分因舉發成立而被撤銷，原審被告仍不得依民事訴訟法第496條第1項第11款事由提起再審。
