法律上，醫師（醫院）要負「醫療疏失」責任，依照一般舉證責任分配規則（規範理論），原則上應由病患就「醫療疏失」、「損害」、「疏失與損害間有相當因果關係」、「損害金額計算」等「待證事實」，在法律上負舉證責任。
關於「醫療行為疏失求償」的情況，不論是根據契約法上的請求權，或侵權行為法上的請求權，都是依照上述基本舉證責任。
至於，主張「醫師違反告知後同意」的情況，則原則上應由醫師（醫院）就已善盡告知義務一點，負舉證責任，在舉證責任分配上較不同 。關於這部分，可以參見：吳俊達，醫療訴訟之舉證責任，政大法研碩士論文，第263～320頁。
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關於「醫療疏失求償」的情況，基於醫療專業上、 資訊上的高度不對等關係，最高法院在最近醫療案件（106年台上字第227號民事判決）中，明確指出：
「....再過失之醫療行為與病人之死亡間因果關係之存否，原則上雖應由被害人負舉證責任，惟苟醫師進行之醫療處置具有可歸責之重大瑕疪，導致相關醫療步驟過程及該瑕疵與病人所受損害間之因果關係，發生糾結而難以釐清之情事時，該因果關係無法解明之不利益，本於醫療專業不對等之原則，應歸由醫師負擔，依民事訴訟法第二百七十七條但書之規定，即生舉證責任轉換（由醫師舉證證明其醫療過失與病人死亡間無因果關係）之效果。...」
意思是：當醫療行為存有「重大瑕疵」（重大疏失），而病患的損害（如死亡或重大傷殘）與「重大瑕疵」（重大疏失）之間的因果關係，出現難以釐清的證明上困難時，這時候在法律上，應該依照民事訴訟法第227條但書規定，在「因果關係」的證明上發生「舉證責任轉換（倒置）」的效果。
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上述最高法院關於舉證責任分配的法律見解，其實源自德國民事醫療訴訟法院實務，長期演進所發展出的一套舉證責任分配特別規則，用來修正一般舉證責任分配原則下，可能對於病患造成的不公平。
關於這個舉證責任分配規則如何具體操作、操作上各種細節問題，例如：
（一）重大醫療疏失應該如何認定？
（二）重大醫療疏失是否必須在醫學上「適合」（無法完全排除可能性）造成病患的損害？
（三）如有有其他原因介入，包括第三人錯誤醫療行為、病患自己「與有過失」行為，是否就排除舉證責任責任倒置？
（四）關於重大醫療疏失之認定，法院和鑑定如何分工？
（五）法院應該如何推敲、解讀鑑定意見？
（二）重大醫療疏失是否必須在醫學上「適合」（無法完全排除可能性）造成病患的損害？
（三）如有有其他原因介入，包括第三人錯誤醫療行為、病患自己「與有過失」行為，是否就排除舉證責任責任倒置？
（四）關於重大醫療疏失之認定，法院和鑑定如何分工？
（五）法院應該如何推敲、解讀鑑定意見？
讀者如有興趣，可以進一步參閱：吳俊達，#醫療訴訟之舉證責任，政大法研碩士論文，第104～164頁。
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筆者認為，這套舉證責任倒置規則的「關鍵」，仍在「醫療鑑定」。
因為「是否構成重大醫療瑕疵」，仍須由病患負舉證責任，而此時「醫療鑑定意見」仍具有重要影響。
其次，即使有重大醫療疏失存在，即使因果關係舉證責任倒置給醫師（醫院）承擔，針對「因果關係不存在」的證明，「醫療鑑定意見」還是具有決定性。
不同於德國法院實務，在台灣醫療訴訟最大的問題是：幾乎「醫療鑑定意見」完全決定案件結果。
實務上絕大多數遭法院判決應負賠償責任的案件，都是因為「醫療鑑定意見」本身就已經認定醫師有疏失，而法院通常是照抄、援引鑑定意見而已。
更弔詭得是，經常可以發現，明明鑑定意見的理由本身，都可以推論出醫師有疏失，但鑑定結論卻仍然可以判定醫師已善盡專業上水準。但不乏法院還是不看理由，只抄鑑定結論。
尤其，目前醫療鑑定又幾乎以「衛福部醫審會」為唯一鑑定機關，其他機關動輒以各種理由拒絕受理鑑定，確實造成病患（家署）在舉證上非常困難。
就算發現原來鑑定意見諸多疑義，想要更換鑑定機關重新鑑定、補充鑑定，也幾乎找不到其他願意協助鑑定的機關。
民事法權威 黃立教授即曾撰文指出：在我國要打贏醫療訴訟，必須依賴鑑定人的慈悲。正是一針見血指出，目前病患（家屬）在醫療訴訟上的嚴重證明困境。
因此，筆者認為，「舉證責任倒置」只是個開始，實務上真正的問題及關鍵在於：
醫療鑑定機關「公正性」、「獨立性」如何確保、落實？面對欠缺專業醫療協助的病患（家屬），鑑定人能否本於專業良知，克服「醫醫相護」（來自人脈關係、本身心理因素）的壓力，提出真正專業意見，協助釐清真相？
又，法院（號稱醫療專庭）如何減輕現有龐大工作量，能夠真正耐心、細心推敲鑑定意見及其他卷證？如何適當平衡醫、病雙方訴訟地位上的不對等，尋求事實真相，而非只是『西瓜挖大邊』，一昧偏向判決書好寫、案件好結案的方向，進行審理？
「舉證責任轉換、倒置」絕非關鍵，彷如銅強鐵璧般的「醫療鑑定意見」才是！
